明治7年（1874）、イギリスの宣教師デニングが北海道に伝道のため来函したのが始まり。4年後に教会ができましたが、火災で類焼し、大正年間現在地に移りました。現在の建物は、昭和54年に改築したものです。

英国プロテスタントの教会で東京聖路加病院や立教大学なども、この教会の系統です。函館においても明治年間に、女学校やアイヌ学校、病院を建てるなど、教育や福祉活動に大きな業績を残しています。ハリストス正教会の東隣に位置しています。